1962年，21岁的魏根深大三，本该是毕业生的他（剑桥本科是3年学制），成了东方学系的一名新学生，并为此延期读了4年本科。当时，很少有人做出这样的选择，因为东方学系异常冷门，尽管课程内容囊括了中国、韩国、日本等东亚国家各类相关内容，但全班统共只有五六个学生。“那个时代，没有人要学习中文，大家都要学习俄语。”魏根深说，当时流行一种说法：If you are an optimist, study Russian. If you are a pessimist, you learn Chinese.（如果你是乐观主义者，就学习俄语；如果你是悲观主义者，才学习中文）。“因为冷战的关系，学俄语比较容易找到工作，学中文毕业后根本找不到出路。”
一年后的1964年5月，魏根深忽然收到了一张明信片，上面打印着两行文字：“Do you still want to go to China？Can you go next week？（你还想去中国吗？下周能出发吗？）”落款是“中国驻英代办处”，写信人是代办处分管文化的二等秘书（second secretary）。魏根深说，当时去代办处的每个人都得留下个人信息，正好因为他延期了没毕业，才收到了这张寄往剑桥的明信片。
“这听起来很逗，但对我来说却非常重要，这是我与中国官方的第一次接触。”魏根深说，当时宿舍没有电话，所有表示礼貌、尊重的通讯全是明信片往来。于是，他赶紧回寄了张明信片，写道：“Dear sir and secretary, I have not graduated, so I cannot go next week. I’d like to go when I graduate.（亲爱的先生，我还没有毕业，下周不能前往，我想等毕业后去中国。）”不久，他收到了代办处的回信，请他毕业后即去处里面试。
魏根深还跟学生们去过几次乡下干农活。他记得有次种土豆的时候，一起干活的人问他是不是感觉很新鲜，他很认真地告诉对方：“这些农活我从小都会干，我家比你们家穷得多。”此话一出，人们在半信半疑间关注起了魏根深的家庭出身。魏根深干脆在北京语言学院做了场讲座，图文并茂地向众人介绍他自己。那一天，去听讲座的人很多。魏根深告诉大家，自己出生于英国伦敦附近的小村落，13岁时就去伦敦的餐馆洗盘子挣钱，并换取免费的食物。他16岁时读完了弗莫尔（Patrick Leigh Fermor）写的《沉默时间》（A Time to Keep Silence）一书，跟随作者脚步去了法国、希腊深山里的修道院过苦行僧的生活。后来，他就两国修道院之间的不同写了篇论文，赢得了剑桥大学奖学金，供自己读完了4年本科。他还展示了在剑桥大学念书时的照片，其中一张是在校园里拍的，画面上四五个人正围着一名穿着高级套装的女士聊天，“她是伊丽莎白女王，在她旁边的就是我”。
周末，魏根深通常去北京电影制片厂兼职做英语配音和中译英的工作。“制片厂的工资不高，但非常有趣。”他说，在那里他认识了很多中国人，但也碰到了一些无厘头的事。令他印象最深的是一位女导演，她对配音的要求似乎很苛刻，经常让他一句话录上20到30遍。更让他崩溃的是，这位女导演不懂英语，却时刻充满“警惕”。魏根深曾做过电影《女跳水队员》的翻译，当时他把片名译作“Down to the Pool in Slips”，女导演看后掰着手指对他说：“‘女跳水队员’是5个字，你的英文怎么有6个字，这里面肯定有问题！”无奈之下，魏根深只能将片名调整成5个单词，翻成“Female Members of Collective Diveteam”后再交给她，对方露出了意味深长的笑容。他还给外文出版社翻译过《九颗红星向祖国》，但直至1966年他离开中国时，英译本仍不见出版。后来他才知道，那时的北京外文出版社已经不能印刷《毛泽东选集》以外的任何著作了。
他曾去国家图书馆（当时在北海公园附近）想查阅一本关于明朝的书，图书馆不允许他进入，直到北京语言学院给他写了份情况说明才被放行。“那时候的图书馆管理员，看护的好像不是书，而是国家机密。”更让他觉得匪夷的是，一些在中国科学院（现中国社会科学院前身）读书、工作的朋友告诉他，他们的图书馆里有许多国外的学术期刊，但是都被锁起来了，连内部人员都不能借阅。
没想到，第二天他的讲座新闻登上学生报纸时，报道的是 “Pinko Wilkinson says Chinese are not starving（红色魏根深：中国人并没有挨饿）”。魏根深很无语，他陈述的是客观情况，但这名记者显然认为他是在为中国说好话。他马上找到系主任，而后联系到报纸的编辑，谈了自己的想法。第三天，报上登了一则更正消息，表示他们可能对魏根深先生有所误解。
1970年，魏根深在普林斯顿接受了刘子健和牟复礼的指导，完成博士论文，获得了博士学位。1971年，他先去哈佛大学东亚研究中心访学。刚过而立之年的他向中心主任费正清提起自己有许多关于中国历史研究的笔记。费正清看了其中一章，便敦促魏根深尽快将笔记成书，这便有了至今仍在不断修订的《中国历史研究手册》的雏形——《中国近代以前历史研究手册（The History of Imperial China： A Research Guide）》。1973年，这本《手册》作为哈佛东亚专刊第49种由哈佛大学出版社出版。
魏根深去欧共体面试，面试他的是当时的秘书长。秘书长让他谈谈他的博士论文——《中国价格历史研究》（Studies in Chinese Price History），一篇关于19世纪下半叶陕西农作物价格的分析。时隔多年之后，魏根深看到了秘书长当年给他写的面试评语：“我们应该聘请魏根深博士。因为他既然能搞清楚复杂的清代陕西农作物价格体系，那么他一定也能搞清楚欧洲农业政策以及复杂的国际贸易体系。”说到这，魏根深大笑起来，“他真机智呀！”
随着对中国和中国历史的了解的深入，1998年，魏根深推出了这本书的修订本《中国历史手册》（Chinese History : A Manual）。北京大学历史系教授赵冬梅记得，在推出这版修订本之后，魏根深曾找到包括她在内的3名北大历史系青年教师给书挑错。“每找到1个不重复的错，他就给我们1块钱。”赵冬梅笑道，“你知道吗，我最后从他那里挣了3000多块钱！”2000年，第二版修订本《中国历史手册》（Chinese History：A Manual, Revised and Enlarged）出版。
2012年12月，全面更新的第三版修订本《中国历史新手册》（Chinese History: A New Manual）问世。2014年，这本书获得了被誉为“汉学界的诺贝尔奖”的法国儒莲奖（Stanislas Julien Prize）。2015年，第四版《中国历史新手册》（Chinese History: A New Manual）上市。